Евгения Щъркелова работи като прокурор в Специализираната прокуратура, а от юли 2020 г. е и заместник на административния ръководител, като отговаря за отдели „Криминален“ и „Антитероризъм“.
В качеството си на наблюдаващ прокурор е работила по първото дело за обучение с цел извършване на тероризъм, което приключва с влязла в сила осъдителна присъда.
Пред месец септември 2020 г. пледира по делото „Сарафово“, което приключи с осъдителни присъди за двамата извършители терористи с наказание „Доживотен затвор без замяна“. Работи и по дела за престъпления по глава Първа – „Престъпления против Републиката“, които са от изключителната компетентност на Специализирана прокуратура.